ზოონოზური სიმიანური ქაფიანი ვირუსი ბანგლადეშში ასახავს გადაცემის და ერთობლივი ინფექციის მრავალფეროვან ნიმუშებს

სრული სტატია მოღვაწეები და მონაცემები წყაროები ციტირებები მეტრიკა ლიცენზირება ხელახალი გამოქვეყნებები და ნებართვები PDF რეზიუმე სიმიური ქაფიანი ვირუსები (SFVs) ყველგან არის გავრცელებული ადამიანთა პრიმატებში (NHPs). როგორც ყველა რეტროვირუსში, SFV– ის საპირისპირო ტრანსკრიფცია იწვევს რეკომბინაციას და მუტაციას. იმის გამო, რომ უფრო მეტი ადამიანი დაინფიცირდა SFV– ით, ვიდრე ნებისმიერი სხვა სიმიური ვირუსით, SFV არის პოტენციურად ძლიერი მოდელი ადამიანის/NHP ინტერფეისის ვირუსების ვირუსოლოგიისა და ეპიდემიოლოგიის შესასწავლად. აზიაში, SFV, სავარაუდოდ, ადამიანებს გადაეცემა მაკაკის ნაკბენებითა და ნაკაწრებით, რომლებიც ყოველდღიურ ცხოვრებაში ხდება. ჩვენ გავაანალიზეთ SFV gag გენიდან მრავალი პროვირუსული თანმიმდევრობა როგორც ადამიანებიდან, ასევე მაკაკებიდან ბანგლადეშში ადამიანის/NHP ინტერფეისის რეტროვირუსული გადაცემის დასახასიათებლად. აქ ჩვენ მოვახსენებთ მტკიცებულებებს, რომ ადამიანები შეიძლება ერთდროულად დაინფიცირდნენ SFV– ს მრავალჯერადი შტამებით, ზოგი ინდივიდით ინფიცირებულია როგორც ავტოქტონური SFV შტამით, ასევე სხვა გეოგრაფიული არეალის მაკაკებში ნაპოვნი SFV– ს მსგავსი შტამით. ეს მონაცემები, წინა შედეგებთან ერთად, ვარაუდობს, რომ ადამიანების მიერ ხელი შეუწყო მაკაკების მოძრაობას, რამაც გამოიწვია SFV არარეზიდენტი შტამების დანერგვა და მაკრუკებში რეტროვირუსული რეკომბინაცია ხელს უწყობს ბანგლადეშში ადამიანებს შორის SFV მრავალფეროვნებას. ქაფის ვირუსები არის რეტროვირუსების ქვეოჯახი, რომლებიც ფართოდ არის გავრცელებული ხერხემლიანთა მასპინძლებში, მათ შორის არაადამიანურ პრიმატებში, კატებში, ძროხებსა და ცხენებში. 1 Meiering CD, Linial ML. ქაფიანი ვირუსის ეპიდემიოლოგიისა და ინფექციის ისტორიული პერსპექტივა. Clin Microbiol Rev2001; 14: 165-176. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] FV არის უძველესი ეგზოგენური ვირუსი, რომელიც ეფექტურად გადადის მასპინძლებს შორის, მაგრამ არ არის ცნობილი, რომ იწვევს დაავადებას. Switzer WM, Salemi M, Shanmugam Vet al. ქაფიანი ვირუსები და პრიმატები. ბუნება 2005; 434: 376–380. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] მიუხედავად იმისა, რომ თითქმის ყველგან არის გავრცელებული ადამიანთა პრიმატებში (NHPs), სიმიანის ქაფიანი ვირუსი (SFV) არ არის ენდემური ჰომო საპიენსში. ადამიანების ზოონოზური ინფექცია SFV– ით ადრე იყო აღმოჩენილი რამდენიმე ქვეყანაში და სახეობათაშორისი კონტაქტის სხვადასხვა კონტექსტში, მათ შორის NHP ლაბორატორიისა და ზოოპარკის მუშაკები ჩრდილოეთ ამერიკაში, „მაიმუნის ტაძრის“ მუშაკები, შინაური ცხოველების მფლობელები და ადამიანები, რომლებიც ცხოვრობენ თავისუფალი მაკაკების გარშემო სამხრეთ და სამხრეთ-აღმოსავლეთში. აზია და ბუშის ხორცის მონადირეები ცენტრალურ აფრიკაში. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 და simian foamy retroviruses ადამიანებში: აღმოჩენა, ეპიდემიოლოგია, სახეობების გადაცემა და მოლეკულური ვირუსოლოგია. ვირუსოლოგია 2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] დღემდე, SFV– ით NHP– ადამიანზე გადაცემა დადასტურებულია> 100 – ზე მეტ ადამიანზე, რაც გაცილებით მეტია, ვიდრე ჯვარედინი სახეობების გადაცემის შემთხვევები სხვა ცნობილი NHP– ით გადამდები რეტროვირუსებისთვის: სიმანის იმუნოდეფიციტის ვირუსი სიმანი რეტროვირუსი D ან სიმანიანი T- უჯრედების ლიმფოტროფიული ვირუსი. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 და simian foamy retroviruses ადამიანებში: აღმოჩენა, ეპიდემიოლოგია, სახეობების გადაცემა და მოლეკულური ვირუსოლოგია რა ვირუსოლოგია 2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar], 4Khabbaz RF, Heneine W, George JRet al. ლაბორატორიის მუშაკის ინფექცია სიმის იმუნოდეფიციტის ვირუსით. N Engl J Med1994; 330: 172–177. [Crossref], [Google Scholar], 5Lerche NW, Switzer WM, Yee JLet al. სიმანიური ტიპის D რეტროვირუსით ინფიცირების მტკიცებულება პირებში, რომლებიც პროფესიულად ექვემდებარებიან არაადამიანურ პრიმატებს. ჯ ვიროლი 2001; 75: 1783–1789. [Crossref], [Google Scholar], 6Switzer WM, Bhullar V, Shanmugam Vet al. ხშირი სიმიანი ქაფიანი ვირუსული ინფექცია იმ პირებში, რომლებიც პროფესიულად ექვემდებარებიან არაადამიანურ პრიმატებს. ჯ ვიროლი 2004; 78: 2780–2789. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 7Kalish ML, Wolfe ND, Ndongmo CBet al. ცენტრალური აფრიკელი მონადირეები დაუცველნი არიან სიმიანის იმუნოდეფიციტის ვირუსს. Emerg Infect Dis2005; 11: 1928-1930. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] NHP– ში SFV– ის მაღალი გავრცელების და ადამიანებსა და NHP– ს შორის ინტერფეისის მრავალფეროვნებისა და მასშტაბის გათვალისწინებით, დადგენილია, რომ გლობალურად ინფიცირებულთა რიცხვმა შესაძლოა ათამდე მიაღწიოს ათასობით. ენჯელ გ, Hungerford LL, Jones-Engel მოდით al. რისკის შეფასება: მოდელი მაკაკებიდან სიმიური ქაფისებრი ვირუსის ჯვარედინი გადაცემის პროგნოზირებისათვის (მ. fascicularis) ადამიანებს მაიმუნების ტაძარში ბალიში, ინდონეზიაში. Am J Primatol2006; 68: 934–948. [Crossref], [Google Scholar], 9Switzer WM, Shaohua T, Ahuka-Mundeke Set al. ახალი სიმანიანი ქაფიანი ვირუსული ინფექციები კონგოს დემოკრატიული რესპუბლიკის ქალებიდან მაიმუნის მრავალი სახეობიდან. რეტროვირუსოლოგია 2012; 9:100. [Crossref], [Google Scholar] დამატებით, SFV ინფიცირებული ადამიანების რამოდენიმე გრძივი კვლევა ვარაუდობს, რომ SFV არ გადადის ერთი ადამიანიდან მეორეზე. 10 Boneva RS, Switzer WM, Spira TJet al. ადამიანის მუდმივი ინფექციის კლინიკური და ვირუსული დახასიათება ქაფიანი ვირუსები. შიდსი Res Hum Retroviruses2007; 23: 1330–1337. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ამრიგად, იმ ფაქტორების დახასიათებამ, რომლებიც გავლენას ახდენენ SFV– ის ზოონოზურ გადაცემაზე, შეიძლება იყოს საუკეთესო თანამედროვე მოდელი იმის გასაგებად, თუ როგორ და რატომ შეიძლება ზოგიერთმა NHP ვირუსმა გამოიწვიოს ადამიანის მდგრადი განვითარება -ადამიანური გადაცემა. ჩვენმა ჯგუფმა შეისწავლა ბანგლადეშში ადამიანებსა და NHP– ს ინტერფეისი ბოლო 6 წლის განმავლობაში, ფოკუსირება მოახდინა ინფექციური აგენტების გადაცემა სახეზე. 11 ობერსტე MS, Feeroz MM, Maher Ket al. ბანგლადეშში, 2007–2008 წწ. ჯ ვიროლი 2013; 87: 558–571. [Crossref], [Google Scholar], 12Oberste MS, Feeroz MM, Maher Ket al. ბუნებრივად შეძენილი პიკორნავირუსული ინფექციები დაჰას ზოოპარკში არაჰუმანურ პრიმატებში. ჯ ვიროლი 2013; 87: 572–580. [Crossref], [Google Scholar], 13Karlsson EA, Engel GA, Feeroz MMet al. გრიპის ვირუსის ინფექცია არაადამიანურ პრიმატებში. ემერგ ინფექცია Dis2012; 18: 1672-1675. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ბანგლადეში არის ერთ -ერთი ყველაზე მჭიდროდ დასახლებული ქვეყანა მსოფლიოში, სადაც მრავალი ურბანული უბანი მდებარეობს NHP ჰაბიტატების შიგნით ან მის მახლობლად. რამოდენიმე NHP ტაქსონი ბანგლადეშშია, რეზუს მაკაკი (Macaca mulatta) ყველაზე მრავალრიცხოვანი და ფართოდ გავრცელებულია. ზომა და შემადგენლობა. პრიმატ კონსერვატორი 2013; 26: 115–124. [Crossref], [Google Scholar] როგორც ტყის ჰაბიტატი კვლავ მცირდება, პატარა, ეკოლოგიურად მოქნილი რეზუსი ხარობს ადამიანის მიერ შეცვლილ ჰაბიტატებში, განსაკუთრებით იმ ადგილებში, სადაც კულტურული დამოკიდებულება ხელს უწყობს მათ შემწყნარებლობას .15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. რეზუს მაკაკებისა და მასთან დაკავშირებული ქაფიანი ვირუსის ბანგლადეშში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] მიუხედავად იმისა, რომ კონტაქტი ადამიანებსა და რეზუს მაკაკებს შორის ხდება ძირითადად იმ თემებში, სადაც მაკაკები თავისუფალია, ის ასევე გვხვდება რელიგიურ სალოცავებში, რომლებიც იქცა მაკაკების თავშესაფრად და მაკაკის შინაური ცხოველების მფლობელობაში. გარდა ამისა, მომთაბარე ხალხი, რომელიც ცნობილია როგორც ბადე, ან კალანდარი, საუკუნეების მანძილზე მოგზაურობდა რეგიონში და საარსებო წყაროს ამზადებდა სპექტაკლების დადგმით გაწვრთნილი მაკაკებით. აფრიკისგან განსხვავებით, ბანგლადეშში მაიმუნებზე ნადირობა იშვიათია და შემოიფარგლება მკვიდრი მოსახლეობით ჩიტაგონგ ჰილ ტრაქტში, მიანმარის საზღვრები. მრო ტომი ჩიტაგონგის გორაზე, ბანგლადეში. Int J Biodiversity Sci Manage2007; 3: 56–62. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] SFV– ის NHP– ადამიანზე გადაცემა ითვლება, რომ ყველაზე ხშირად ხდება ნაკბენებით. SFV აქტიურად მრავლდება ინფიცირებული მაიმუნების პირის ღრუს ლორწოვან გარსში, აღწევს ნერწყვში მაღალი კონცენტრაცია, სადაც გენომური და mRNAs ადვილად გამოვლენილია. გამოწვეული იმუნოსუპრესია. J Virol2006; 80: 663–670. [Crossref], [Google Scholar] თუმცა, შედარებით ცოტაა ცნობილი იმის შესახებ, თუ როგორ მოქმედებს მასპინძელი ან ვირუსული მახასიათებლები SFV გადაცემაზე. მძიმე ნაკბენებიც კი საიმედოდ არ იწვევენ ინფექციას. რეტროვიროლოგია 2012; 9: 100. [Crossref], [Google Scholar] პირიქით, დოკუმენტირებული ინფექციის მქონე ზოგიერთ ადამიანს არ ახსოვს NHP ან NHP ქსოვილების მნიშვნელოვანი ზემოქმედება. ზოონოზური SFV გადაცემასთან და ინფექციასთან დაკავშირებული სხვა მნიშვნელოვანი საკითხები გადაუჭრელი რჩება. მაგალითად, პროვაიდული დნმ ათწლეულების განმავლობაში დაჟინებით გამოვლენილია ზოგიერთ SFV ინფიცირებულ ადამიანში; სხვა პირები ავითარებენ SFV– ს ანტისხეულებს გამოვლენილი პროვირალური დნმ – ის გარეშე. 3 Gessain A, Rua R, Betsem E, Turpin J, Mahieux R.HTLV-3/4 და სიმიანი ქაფიანი რეტროვირუსები ადამიანებში: აღმოჩენა, ეპიდემიოლოგია, სახეობების გადაცემა და მოლეკულური ვირუსოლოგია. ვირუსოლოგია 2013; 435: 187–199. [Crossref], [Google Scholar] ჯერ კიდევ გასარკვევია არის თუ არა ზოგიერთი ინდივიდი გასუფთავებული ინფექციას, ან რამდენად შეუძლია ვირუსულ შტამებს გამძლეობა. საჭიროა დამატებითი კვლევა, რათა დადგინდეს, არის თუ არა მტკიცებულება, რომ SIV/HIV-ის ანალოგიურად, რომელშიც რეტროვირუსულ შტამებს შორის რეკომბინაცია ახალ მასპინძელში იყო პანდემიური ვირუსების ევოლუციის წინამორბედი მოვლენა, არსებობს თუ არა მტკიცებულება, რომ SFV-ები ხელახლა კომბინირებულია ადამიანებში. რამდენიმე კვლევა ჩატარდა იმის დასადგენად, გავლენას ახდენს თუ არა ნერწყვში SFV- ის კონცენტრაცია ზოონოზურ გადაცემაზე, ან როგორ უწყობს ხელს ადამიანის იმუნური პასუხი ინფექციას ან აფერხებს ვირუსს (Soliven et al. და მაცენი და სხვები, გამოუქვეყნებელი). და მიუხედავად იმისა, რომ სხვა გეოგრაფიულ არეებსა და ადამიან-მაკაკის კონტაქტის სხვა კონტექსტებში შეგროვდა მონაცემები იმის შესახებ, თუ როგორ უწყობს ხელს დემოგრაფიული ცვლადები და მაკაკი და ადამიანის ქცევა მაკაკ-ადამიანზე აგრესიის ალბათობას, შედარებით ცოტაა ცნობილი იმის შესახებ, თუ როგორ მოქმედებს ეს ცვლადები რეტროვირუსზე გადაცემა. 18 Fuentes A, Gamerl S. არათანაბარი მონაწილეობა ასაკობრივი/სქესობრივი კლასების მიხედვით აგრესიულ ურთიერთქმედებაში გრძელ კუდიან მაკაკებს (Macaca fascicularis) და ადამიან ტურისტებს პადანტეგალ მაიმუნების ტყეში, ბალი, ინდონეზია. Am J Primatol2005; 66: 197–204. [Crossref], [Google Scholar] აქ ჩვენ წარმოვადგენთ მონაცემებს, რომლებიც აღწერს ადამიანის კონტაქტს რეზუს მაკაკებზე და SFV– ით ინფექციას ბანგლადეშის რამდენიმე ადგილას და მაიმუნების მფლობელებზე. სხვა კვლევების უმეტესობა ფოკუსირებულია პოლის გენის რეგიონზე (ინტეგრაზა), რომელიც ძალზე კონსერვატიულია და ამგვარად შეიძლება არ გამოავლინოს SFV ვარიაცია, რომელიც გვხვდება სახეობის ინფიცირებულ პირებში. ჩვენ მივიღეთ მრავალი კლონი მთლიანი სისხლიდან და დავადგინეთ SFV gag გენის ნაწილი, რომელიც არჩეულია pol– ზე უფრო დიდი SFV გენეტიკური ცვალებადობის გამოსავლენად და ვიყენებთ თანმიმდევრობის მონაცემებს ადამიანებში ნაპოვნი ვირუსის და მაკაკებში ნაპოვნი ვირუსების შესადარებლად, რომელთანაც ისინი ურთიერთქმედებენ რა ჩვენ ვაჩვენებთ, რომ ადამიანებს შეუძლიათ ერთდროულად დაინფიცირდნენ მრავალი SFV შტამით; ზოგიერთი ადამიანი ინფიცირებულია როგორც ავტოქტონური (წარმოშობის ადგილიდან) SFV შტამით, ასევე SFV– ს მსგავსი შტამით, რომელიც აღმოჩენილია სხვა გეოგრაფიული არეალების მაკაკებში. ასაკის მატება იყო მნიშვნელოვანი რისკფაქტორი ადამიანებში SFV ზოონოზური გადაცემისათვის. ქალი სექსი და ინდუისტური რელიგია ასევე შეიძლება ასოცირებული იყოს გაზრდილი რისკით. ეს მონაცემები შერწყმულია ჩვენს წინა შედეგებთან 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. რეზუს მაკაკებისა და მასთან დაკავშირებული ქაფიანი ვირუსის პოპულაციის დინამიკა ბანგლადეშში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] ვარაუდობს, რომ ადამიანის ხელით მოძრაობა macaques, მრავალჯერადი SFV ინფექცია და რეტროვირუსული რეკომბინაცია ყველა ხელს უწყობს რეტროვირუსულ მრავალფეროვნებას ბანგლადეშში. ადგილები (Sylhet, Bormi, Dhamrai, Narayanganj და Charmaguria), ისევე როგორც 209 მაიმუნების მფლობელები, რომლებიც მიეკუთვნებიან მომთაბარე ჯგუფს, რომლებიც დგამენ სპექტაკლებს თავიანთი გაწვრთნილი მაკაკის მონაწილეობით. სათემო ადგილები შეიქმნა 2007 წელს იმ ადგილებში, სადაც მაკაკები თავისუფლად ვრცელდება და სადაც მოსახლეობა მზად იყო მონაწილეობა მიეღო გრძელი კვლევაში ინფექციური აგენტების გადაცემის შესახებ. ჩვენ ავიღეთ ნიმუშები მაიმუნების მფლობელებისაგან, როდესაც შევხვდით მათ ჩვენი საზოგადოების შესასწავლი ადგილებისკენ მიმავალ გზაზე ან იქიდან. ბანგლადეშის მაიმუნებს შორის SFV მრავალფეროვნების ანალიზი წარმოდგენილია ჩვენს თანმხლებ კვლევაში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] ამ კვლევის მონაცემები ასევე წარმოადგენს წინამდებარე კვლევაში შესწავლილი მაკაკური SFV მონაცემთა ნაკრების ნაწილს. აქ წარმოგიდგენთ ამ კვლევაში შემავალი საველე ადგილების მოკლე აღწერას (სურათი 1). ზოონოზური სიმიანი ქაფიანი ვირუსი ბანგლადეშში ასახავს გადაცემის და თანაინფექციის მრავალფეროვან შაბლონს ყველა ავტორი გრეგორი ენგელი, კრისტოფერ ტ სმოლი, ხანჰ სოლივენ, მუსტაფა მ ფეეროზი, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps: //doi.org/10.1038/emi.2013.60 გამოქვეყნებულია ინტერნეტში: 25 იანვარი 2019 სურათი 1 შერჩევის ადგილები და SFV შტამების მრავალფეროვნება გამოვლენილი ზოონოზურად ინფიცირებულ ადამიანებში. გამოიკითხა ადამიანებმა სუბიექტები ბანგლადეშის ხუთ ურბანულ ადგილას, სადაც რეზუს მაკაკები თავისუფალი იყო. ჩვენ ცოტა ხნის წინ ვაჩვენეთ, რომ თითოეულ ამ ადგილას SFV- ს ძირითადი შტამი შეიძლება გამოვლინდეს მაკაკებში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Rhesus SFV-ის ძირითადი შტამები ფერადი კოდირებულია ამ რუკაზე. ადამიანთა სუბიექტებისთვის (აღინიშნება "BGH"), რომლებიც აღმოჩნდნენ ინფიცირებული SFV– ით, ჩვენ მივიღეთ მრავალი კლონი მთლიანი სისხლიდან და დავადგინეთ SFV gag გენის ნაწილი. თანმიმდევრობის მონაცემები გამოყენებულ იქნა ადამიანებში აღმოჩენილი ვირუსის და იმ ადგილის მაკაკებში აღმოჩენის შესადარებლად. თითოეული BGH იდენტიფიკატორის გვერდით არსებული წრე (ებ) ი ნიშნავს SFV შტამს, რომელიც გამოვლინდა ამ ადამიანებში. გაითვალისწინეთ, რომ ოთხი სუბიექტი ერთდროულად დაინფიცირდა მრავალი SFV შტამით და რომ ზოგიერთი ადამიანი ინფიცირებულია როგორც ავტოქტონური (წარმოშობით აღმოჩენილი) SFV შტამით, ასევე SFV– ს მსგავსი შტამით, რომელიც აღმოჩენილია სხვა გეოგრაფიული ზონებიდან მაკაკებში. nks, უცნობი წყარო. სრული ზომის ჩვენება სურათი 1 შერჩევის ადგილები და SFV შტამების მრავალფეროვნება გამოვლენილია ზოონოზურად ინფიცირებულ ადამიანებში. გამოიკითხა ადამიანებმა სუბიექტები ბანგლადეშის ხუთ ურბანულ ადგილას, სადაც რეზუს მაკაკები თავისუფალი იყო. ჩვენ ცოტა ხნის წინ ვაჩვენეთ, რომ თითოეულ ამ ადგილას SFV- ს ძირითადი შტამი შეიძლება გამოვლინდეს მაკაკებში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] Rhesus SFV-ის ძირითადი შტამები ფერადი კოდირებულია ამ რუკაზე. ადამიანთა სუბიექტებისთვის (აღინიშნება "BGH"), რომლებიც აღმოჩნდნენ ინფიცირებული SFV– ით, ჩვენ მივიღეთ მრავალი კლონი მთლიანი სისხლიდან და დავადგინეთ SFV gag გენის ნაწილი. თანმიმდევრობის მონაცემები გამოყენებულ იქნა ადამიანებში აღმოჩენილი ვირუსის და იმ ადგილის მაკაკებში აღმოჩენის შესადარებლად. თითოეული BGH იდენტიფიკატორის გვერდით არსებული წრე (ებ) ი ნიშნავს SFV შტამს, რომელიც გამოვლინდა ამ ადამიანებში. გაითვალისწინეთ, რომ ოთხი სუბიექტი ერთდროულად დაინფიცირდა მრავალი SFV შტამით და რომ ზოგიერთი ადამიანი ინფიცირებულია როგორც ავტოქტონური (წარმოშობით აღმოჩენილი) SFV შტამით, ასევე SFV– ს მსგავსი შტამით, რომელიც აღმოჩენილია სხვა გეოგრაფიული ზონებიდან მაკაკებში. nyl, უცნობი წყარო. Sylhet მდებარეობს ქვეყნის ჩრდილო -აღმოსავლეთ ნაწილში, ინდოეთის ასამის პროვინციასთან საზღვართან 35 კმ -ში, სილეტი ბანგლადეშის სიდიდით მესამე ქალაქია. დაახლოებით 125 მაკაკის მოსახლეობა გვხვდება შაჰ ჯალალის ტაძარში, ქალაქის ცენტრში. სილეტის მაკაკები მდებარეობს სალოცავის ადგილას და უშუალოდ მიმდებარე სამეზობლოში. შაჰ ჯალალის მაკაკები რეგულარულად ამარაგებენ სალოცავის თანამშრომლებს და ხშირად იღებენ საკვებს სალოცავის სტუმრებისგან. კვლევაში მონაწილეობა მიიღო თოთხმეტმა ადამიანმა, რომლებიც სალოცავთან ახლოს ცხოვრობენ. ბორი, ქალაქ ბორმიში, დაკადან ჩრდილოეთით დაახლოებით 50 კილომეტრში, 200 -ზე მეტი რეზუს მაკაკი მთელს სოფელშია, თავისუფლად მოძრაობენ ინდუისტურ და მუსულმანურ რაიონებს შორის, ხშირად შედიან სახლებში საძიებლად. საკვების. მიუხედავად იმისა, რომ ბორმის ზოგიერთი მაცხოვრებელი ხანდახან მაკაკებს სთავაზობს საკვებს, არ არის ორგანიზებული უზრუნველყოფა. სულ 105 ადამიანი მონაწილეობდა ბორმიდან ამ კვლევაში. Dhamrai ქალაქი Dhamrai მდებარეობს 40 კმ სამხრეთით დასავლეთით Bormi. დაახლოებით 75-100 მაკაკი თავისუფლად ვრცელდება დჰამრაის გავლით. მაკაკები უპირატესობას ანიჭებენ ადგილებს დიდი ჩრდილით და ნაყოფიერი ხეებით, რომლებიც უფრო ხშირად გვხვდება ინდუსურ უბნებში. როგორც ბორმიში, არ არსებობს მაკაკების ორგანიზებული უზრუნველყოფა. ცხრა სუბიექტი Dhamrai-დან იყო ჩართული ამ მონაცემთა ბაზაში. NarayanganjNarayanganj არის მჭიდროდ დასახლებული საპორტო ქალაქი დაკადან სამხრეთით დაახლოებით 20 კილომეტრში. რეზუს მაკაკების მოსახლეობა ამ მხარეში კვლავ მცირდება, რადგან ურბანული განვითარება ცვლის მწვანე ადგილებს. ამ ქალაქში დაახლოებით 60 მაკაკი არ არის უზრუნველყოფილი და არ არის კარგად მიჩვეული ადამიანებისთვის. ნარაიანგანჯიდან 150 ადამიანი მონაწილეობდა კვლევაში. ჩარმაგურია ჩარმაგურია მდებარეობს დაკას სამხრეთით/სამხრეთ-დასავლეთით XNUMX კილომეტრში, მდინარე პადმას გასწვრივ. ამ ტერიტორიაზე> 200 მაკაკი უზრუნველყოფილია ადგილობრივი ორგანიზაციის მიერ ცენტრალურ ადგილას და ამ პატარა ქალაქის უხვად გამწვანებული ტერიტორიები უზრუნველყოფს ბუნებრივ დერეფნებს, რომელთა გასწვრივ ცხოველები ფართოდ ვრცელდება. ჩარმაგურიიდან 23055 ადამიანი მონაწილეობდა კვლევაში. რეკრუტირება, ინფორმირებული თანხმობა და შერჩევის ოქმები, მათ შორის SFV პოზიტიური პირების შემდგომი დაკვირვება, დამტკიცებულია ვაშინგტონის უნივერსიტეტის ადამიანური სუბიექტების განხილვის საბჭოს მიერ (XNUMX) და ანალოგიური განხილვის საბჭო ჯაჰანგირნაგარის უნივერსიტეტი, ბანგლადეში. ადამიანის სუბიექტების ბიოლოგიური და დემოგრაფიული მონაცემები დაშიფრულია უნიკალური, ანონიმური იდენტიფიკატორებით, რომელიც დაიწყო "BanGladesh Human" - ით (BGH). თითოეულ საზოგადოებრივ ადგილას ბანგლადეშის გუნდის წევრებმა დაიწყეს კონტაქტი სამეზობლოს ლიდერებთან და გამოავლინეს ცენტრალური მდებარეობა მაკაკების დიაპაზონში მონაცემთა შეგროვებისათვის. ბანგლადეშის გუნდის წევრები შემდეგ პარტნიორობდნენ საზოგადოების მაცხოვრებლებთან და გამოდიოდნენ ფეხით და ითხოვდნენ იმ ადამიანების მონაწილეობას, რომლებიც თავს იდენტიფიცირებდნენ, როგორც მაკაკებმა დაკბენილი ან დაჭრილი. სუბიექტების ინკლუზიის კრიტერიუმები მოიცავდა 18 წელზე უფროსი ასაკს, NHP– სთან თვითგამოცხადებულ ექსპოზიციას და/ან გრძელვადიან (> 20 წელზე) საცხოვრებელს სოფელში. წერილობითი ინფორმირებული თანხმობა მიიღეს ყველა სუბიექტისგან. დემოგრაფიული მონაცემები და მონაცემები, რომლებიც აღწერს NHP– ს ზემოქმედებას, მოიპოვება კითხვარის საშუალებით, რომელსაც ახორციელებს გუნდის წევრი ადგილობრივ ენაზე, ბენგალური. ათი მილილიტრი მთლიანი სისხლი შეგროვდა თითოეული სუბიექტის ანტიკუბიტალური ვენიდან მილში, რომელიც შეიცავს ეთილენ დიამინის ტეტრაცეტური მჟავას, ინახება ყინულზე არა უმეტეს 12 საათის განმავლობაში, შემდეგ ხდება ცენტრიფუგირება. სისხლისა და პლაზმის მთლიანი ნაწილები ინახებოდა −80 ° C ტემპერატურაზე ანალიზამდე. Whatman Sterile Omni Swabs (Whatman, Piscataway, NJ, USA) გამოიყენეს ბუკალური ლორწოვანი გარსის ნიმუშების მოსაპოვებლად. ტამპონები დაუყოვნებლივ მოათავსეს 500 μL Qiagen Buffer RLT (Qiagen, Valencia, CA, USA) გაგრილებულ ყინულზე არაუმეტეს 12 სთ -მდე გაყინვამდე −80 ° C- მდე, სანამ არ გაანალიზდება. ეს მეთოდები არსებითად იდენტურია იმ მეთოდებისა, რომლებსაც ვიყენებდით მაკაკებისგან მიღებული ბიოლოგიური ნიმუშების მოსაპოვებლად და შესანახად. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] განმეორებითი შერჩევა დადასტურებული SFV პოზიტიური ადამიანებისა თუ ადამიანის სუბიექტი დადასტურდა SFV დადებითი პოლიმერაზული ჯაჭვური რეაქციით (PCR), მკვლევართა ჯგუფმა სცადა დაემართა და გადაეღო სუბიექტი პირველადი შერჩევიდან დაახლოებით 1 წლის შემდეგ რა SFV დადებითი სუბიექტების შემდგომი შერჩევის ბიოლოგიური ნიმუშის შეგროვების პროტოკოლები იგივე იყო, რაც თავდაპირველი შერჩევისას. გარდა ამისა, SFV პოზიტიურმა სუბიექტებმა მიიღეს მოკლე ფიზიკური გამოკვლევა და შეგროვდა სიღრმისეული სამედიცინო ისტორია. რეზუს მაკაკის შერჩევა ჩვენი პროექტის ამხანაგი ხელნაწერი 15 Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. ბანგლადეშში რეზუს მაკაკებისა და მასთან დაკავშირებული ქაფიანი ვირუსის მოსახლეობის დინამიკა. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] გთავაზობთ ცხოველების შერჩევისა და ლაბორატორიული პროტოკოლის შესახებ. SFV gag თანმიმდევრობა სულ 184 რეზუს მაკაკიდან შედის წინამდებარე კვლევაში (სურათი 2). ჩვენ ასევე მოიცავს ამ მონაცემთა ნაკრებში თანმიმდევრობას მიღებული ოთხი რეზუსიდან, ორი დჰამრაიდან და ორი ბორმიდან, რომლითაც ჩვენ შევძელით ხელახალი ნიმუშის აღება მათი პირველადი შერჩევიდან ორი წლის შემდეგ. ზოონოზური სიმიანი ქაფიანი ვირუსი ბანგლადეშში ასახავს გადაცემის და თანაინფექციის მრავალფეროვან შაბლონს ყველა ავტორი გრეგორი ენგელი, კრისტოფერ ტ სმოლი, ხანჰ სოლივენ, მუსტაფა მ ფეეროზი, Xiaoxing Wang, M Kamrul Hasan, Gunwha Oh, SM Rabiul Alam, Karen L Craig, Dana L Jackson, Frederick A Matsen IV, Maxine L Linial & Lisa Jones-Engelhttps://doi.org/10.1038/emi.2013.60გამოქვეყნებულია ონლაინ: 25 წლის 2019 იანვარი სურათი 2 მაიმუნების სისხლის შტამების კლასიფიკაცია სინჯის აღების პოპულაციებიდან. თითოეული მაიმუნისთვის (A) გამოსახულია მაიმუნების შერჩევის პოპულაციის შესაბამისი ფერის ზოლი, ხოლო ფერადი ფილები, რომლებიც შეესაბამება შტამებს, რომლებიც დაფიქსირებულია ამ მაიმუნის სისხლის ნიმუშში (B). არასამთავრობო ძირითადი შტამები აღინიშნება მშობლის შტამებთან დადგენილი რეკომბინანტული ურთიერთობების მიხედვით. პოზიტიური შესატყვისები განისაზღვრება მინიმუმ 90% ალბათობით cBrother ანალიზში 200 ან მეტი მომიჯნავე ფუძე წყვილისთვის. გენომის ის რეგიონები, რომლებიც არ ემთხვევა მშობლების შტამს ამ ზღურბლს ზემოთ მინიმუმ 200 nt, აღინიშნა როგორც nks (ცნობილი წყარო არ არის). ეს არის ფიგურის გამარტივებული ვერსია ამ კვლევისთვის კომპანიონი ქაღალდიდან,15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. რეზუს მაკაკების პოპულაციის დინამიკა და მასთან დაკავშირებული ქაფიანი ვირუსი ბანგლადეშში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar], მაგრამ განახლებული შტამის კლასიფიკაციით. სრული ზომის ჩვენება სურათი 2 სისხლის შტამის კლასიფიკაცია მაიმუნებისთვის შერჩევის პოპულაციიდან. თითოეული მაიმუნისთვის (A) გამოსახულია მაიმუნების შერჩევის პოპულაციის შესაბამისი ფერის ზოლი, ხოლო ფერადი ფილები, რომლებიც შეესაბამება შტამებს, რომლებიც დაფიქსირებულია ამ მაიმუნის სისხლის ნიმუშში (B). არასამთავრობო ძირითადი შტამები აღინიშნება მშობლის შტამებთან დადგენილი რეკომბინანტული ურთიერთობების მიხედვით. პოზიტიური შესატყვისები განისაზღვრება მინიმუმ 90% ალბათობით cBrother ანალიზში 200 ან მეტი მომიჯნავე ფუძე წყვილისთვის. გენომის ის რეგიონები, რომლებიც არ ემთხვევა მშობლების შტამს ამ ზღურბლს ზემოთ მინიმუმ 200 nt, აღინიშნა როგორც nks (ცნობილი წყარო არ არის). ეს არის ფიგურის გამარტივებული ვერსია ამ კვლევისთვის კომპანიონი ქაღალდიდან,15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. რეზუს მაკაკების პოპულაციის დინამიკა და მასთან დაკავშირებული ქაფიანი ვირუსი ბანგლადეშში. Emerg Microbes Infect2013;2:e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] მაგრამ განახლებული შტამების კლასიფიკაციით. SFV გამოვლენა დასავლური ლაქები Rhesus macaque fibroblast Telo-RF უჯრედის ხაზი 19 Kirchoff V, Wong S, St JS, Pari GS. რეზუს რადინოვირუსის (RRV) ზრდა. Arch Virol2002; 147: 321–333. [Crossref], [Google Scholar] დაინფიცირდა SFV M. მულატა ან მ. fascicularis, ან დაუინფიცირებელი დარჩა. 48 საათის შემდეგ, უჯრედები ლიზდება 1 × ნატრიუმის დოდეცილ სულფატის ნიმუშის ბუფერში (50 მმ Tris-HCl (pH 6.8), 10% გლიცეროლი, 2% ნატრიუმის დოდეცილ სულფატი, 5% 2-მერკაპტოეთანოლი, 0.01% ბრომოფენოლ ლურჯი) და ნიმუშები ელექტრული trophoresed მეშვეობით 10% polyacrylamide ლარი. ცილების პოლივინილდენ დიფლორდის მემბრანებზე გადაყვანის შემდეგ (Millipore Billerica, MA, აშშ), მემბრანა დაბლოკილია ფოსფატის შემცველ მარილწყალში+0.05% Tween-20, რომელიც შეიცავს 2% უცხიმო მშრალ რძეს და გარეცხილია წყლით და დარჩა გასაშრობად. გაკეთდა ზოლები, თითოეული შეიცავს სამ ბილიკს (მოლეკულური წონის მარკერი, არაინფიცირებული Telo-RF და ინფიცირებული Telo-RF უჯრედის ლიზატები) და პირველადი ანტისხეული (ადამიანის პლაზმა) დაემატა 1∶20 განზავებით და ინკუბაცია ღამით 4 ° C ტემპერატურაზე. ზოლები სამჯერ გარეცხილია ფოსფატის შემცველ ფიზიოლოგიურ ხსნარში+0.05% Tween-20 მეორადი თხის საწინააღმდეგო ცხენის რადიშ პეროქსიდაზას დამატებამდე (Thermo Scientific and GE Healthcare Rochester, NY, USA) 1∶5000 განზავებით 1 სთ ოთახის ტემპერატურაზე რა ზოლები კიდევ სამჯერ იქნა გარეცხილი წყლით ჩამობანამდე და გამოიყენებოდა 3,3 ′, 5,5′-ტეტრამეთილბენზიდინის სტაბილიზირებული სუბსტრატი ცხენის რადიშ პეროქსიდაზასათვის (Promega Madision, WI, აშშ) შემსრულებლების ვიზუალიზაციისათვის. პლაზმა BGH4– დან, ცნობილი SFV დადებითი ადამიანი 20 ჯონსი – ენგელი L, May CC, Engel GAet al. აზიაში სიმიანი ქაფიანი ვირუსების ზოონოზური გადაცემის მრავალფეროვანი კონტექსტი. Emerg Infect Dis2008; 14:1200-1208. [Crossref], [Google Scholar] გამოიყენებოდა როგორც დადებითი კონტროლი. მთლიანი სისხლიდან დნმ -ის იზოლაცია მთლიანი გენომური დნმ ამოღებულია ადამიანის მთელი სისხლიდან QIAamp დნმ სისხლის მინი ნაკრების (Qiagen) მწარმოებლის პროტოკოლის მიხედვით. ჩვენ ამოვიღეთ დნმ მთლიანი სისხლის 200 μL. გაწმენდილი დნმ ამოღებულია 200 μL ბუფერული AE- ში. გენერიკული დნმ -დან gCR და pol ფრაგმენტების PCR გაძლიერება. იზოლირებული დნმ -ის სულ 15 μL იქნა გამოყენებული გაზის ან პოლი ფრაგმენტების PCR გაძლიერებისათვის ორი მრგვალი PCR- ით. პირველი რაუნდის PCR იყო მულტიპლექსური რეაქცია როგორც gag ასევე pol primers (პრაიმერის თანმიმდევრობა: G1 (+) (nt 114-134, აღებული SFV1 GeneBank თანმიმდევრობით NC_001364 NC_001736) 5′-AGG ATG GTG GGG ACC AGC TA-3 ′; G2 (-) (nt 1451–1433) 5′-CAG GAA GAG GTA CTC GGG G-3 ′; P1 (+) (nt 5179–5200) 5′-GCC ACC CAA GGA AGT TAT GTG G-3 ′; P2 ( -) (nt 5768–5749) 5′-GCT GCC CCT TGG TCA GAG TG) -3. რეაქციები იყო დენატურირებული 95 ° C ტემპერატურაზე 3 წუთის განმავლობაში, რასაც მოჰყვა ორი ციკლი 95 ° C 30 წთ, 38 ° C 1 წთ, 72 ° C 1 წთ, შემდეგ მოჰყვა 25 ციკლი 95 ° C 30 წთ. , 52 ° C 1 წუთის განმავლობაში და 72 ° C 1 წუთის განმავლობაში. წყალი გამოიყენება როგორც უარყოფითი კონტროლი. 2 მკლ PCR პროდუქტი გამოყენებულ იქნა როგორც შაბლონი მეორე წრის PCR– სთვის. ან gag ან pol primers (G3 (+) (nt 190–212) 5′-CAA CCT AGA TGG AGA GCT GAA GG-3 G; G4 (-) (nt 1425-1406) 5′-GGG GAC AAA CTA CGG CTG GG-3 ′; P5 (+) (nt 5339–5361) 5′-TAA TCC TCC AGG GTA TCC AAA A-3 P; P6 (-) (nt 5728–5707) 5′-ATA CCA TCG ACT ACT ACA AGG A-3 ′) გამოიყენებოდა ცალკეული ფრაგმენტების გასაძლიერებლად. რეაქციები იყო დენატურირებული 95 ° C ტემპერატურაზე 3 წუთის განმავლობაში, რასაც მოჰყვა 35 ციკლი 95 ° C 30 წთ, 52 ° C 1 წთ და 72 ° C 1 წთ. PCR პროდუქტების სავარაუდო ზომები gag და pol არის 1235 bps და 390 bps, შესაბამისად. გაჟონვის ფრაგმენტების კლონირება და თანმიმდევრობა გაწმენდილი ფრაგმენტები მიბმული იქნა TOPO-TA კლონირების ვექტორში (Invitrogen, Carlsbad, CA, USA) და გარდაიქმნა Escherichia coli TOP10 კომპეტენტურ უჯრედებში (Invitrogen). შეირჩა მრავალჯერადი კოლონია თითოეული გაჟღენთილი ნიმუშისთვის და პლაზმიდური დნმ გაწმენდილია და თანმიმდევრობით. თანმიმდევრობა განხორციელდა M13 წინ და უკანა პრაიმერების გამოყენებით, ასევე შიდა წინ და უკანა პრაიმერები ვაშინგტონის უნივერსიტეტის გენომიკის დაწესებულების ან GeneWiz Inc. (სიეტლი, აშშ, აშშ). ვირუსული შტამები აღინიშნება მცირე ასოებით, რათა განასხვავონ ისინი იმ გეოგრაფიული ადგილებიდან, სადაც ადამიანების ან მაკაკების ნიმუშები იქნა აღებული (მაგ. Dhamrai არის კვლევის ადგილი, სადაც გამოვლინდა dhamrai ძირითადი შტამი.) რნმ -ის იზოლაცია ბუკალური ტამპონებისგან RLT ბუფერში (Qiagen) გალღვეს 37 ° C ტემპერატურაზე 15 წუთის განმავლობაში 40 U RNaseOUT რიბონუკლეაზის ინჰიბიტორის (Invitrogen) და 1 U RNase თავისუფალი DNase I (Promega) უშუალოდ RNA მოპოვების წინ. სულ რნმ ამოღებულია სტანდარტული პროტოკოლის მიხედვით RNeasy Mini Kit (Qiagen) გამოყენებით. RNA კვლავ დამუშავდა 40 U RNaseOUT და 1 U RNase თავისუფალი DNase I 37 ° C ტემპერატურაზე 1 სთ. შემდეგ ნიმუშები ინკუბირებული იყო 65 °C ტემპერატურაზე 15 წუთის განმავლობაში ფერმენტების ინაქტივაციისთვის. რნმ ინახებოდა −20 ° C ტემპერატურაზე შემდგომი გამოყენებისთვის. ბუკალური ტამპონის საპირისპირო ტრანსკრიფცია-RRT-PCR (RT-PCR) შესრულებული იყო ნაწილობრივი გაჟონვის თანმიმდევრობის კლონირებისთვის (1235 bp) ბუკალური ტამპონის რნმ-დან. პირველი რიგის cDNA იქნა სინთეზირებული Thermoscript RT-PCR სისტემის გამოყენებით (Invitrogen) მწარმოებლის პროტოკოლის მიხედვით Oligo (dT) 18 პრაიმერის გამოყენებით. RT რეაქციები ინაქტივირებულია 85 ° C ტემპერატურაზე 5 წუთის განმავლობაში. შედეგად მიღებული cDNA– ები გამოიყენებოდა როგორც შაბლონი ორი მრგვალი PCR– სთვის, როგორც ზემოთ აღწერილი მთლიანი სისხლის FV gag გაძლიერებისათვის. ამ საქმიანობის ამომწურავი ანალიზი წარმოდგენილია Matsen et al. (გამოუქვეყნებელი). ამ ანალიზმა წარმოქმნა სავარაუდო ჰიპერმუტაციის უარყოფითი თანმიმდევრობის განლაგება ჰიპერმუტაციაზე ეჭვმიტანილი სვეტების ამოღებით. ეს განლაგებები გამოყენებულ იქნა ამ კვლევის დანარჩენი ანალიზისთვის, ჰიპერმუტაციისა და ნამდვილი ფილოგენეტიკური სიგნალის შერევის თავიდან ასაცილებლად. ფილოგენეტიკური ანალიზები დიდი მინიმალური ევოლუციური ხეების გამოთვლა პროფილებით, მანძილის მატრიცის ნაცვლად. Mol Biol Evol2009; 26: 1641-1650. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar], 22Price MN, Dehal PS, Arkin AP.FastTree 2-დაახლოებით მაქსიმალური ალბათობის ხეები დიდი განლაგებისათვის. PLoS ONE2010; 5: e9490. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] ეს ხე ვიზუალიზებული იყო Archeopteryx– ის გამოყენებით (https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx). იმავე განლაგებიდან, SplitsTree 4.12.823 Huson DH, Bryant D. ფილოგენეტიკური ქსელების გამოყენება ევოლუციურ კვლევებში. Mol Biol Evol2006; 23: 254–267. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] გამოიყენებოდა გაყოფილი ქსელის შესაქმნელად. დაძაბულობის ანალიზი შტამების იდენტიფიცირება მოხდა ჰიპერმუტაცია-უარყოფითი განტოლების გამეორებითი კლასტერული ალგორითმის გავლით. აღმოჩნდა, რომ UCLUST v1.124Edgar RC– ის ერთი განაცხადი. მასშტაბის ძიება და კლასტერული შეკვეთები უფრო სწრაფად ვიდრე BLAST. ბიოინფორმატიკა 2010; 26: 2460–2461. [Crossref], [Web of Science ®], [Google Scholar] აწარმოებდა ცუდი კლასტერული შედეგების გამო ალგორითმის ხარბ ბუნებას. განმეორებითი განახლების ალგორითმი, შემოთავაზებული UCLUST ავტორის მიერ http://drive5.com/usearch/manual/recenter.html, განხორციელდა, რომელიც კარგად ეხებოდა ამ საკითხს. კლასტერული კლასების თითოეული რაუნდისათვის წინა რაუნდის თანხმობის თანმიმდევრობა დაემატა განუყრელ განლაგების ზედა ნაწილს, კლასტერის ზომის მიხედვით უმცირესამდე. ამ გამეორებისთვის, კლასტერირება განხორციელდა cluster_smallmem– ის გამოყენებით, წარმოქმნიდა ახალ კონსენსუსულ თანმიმდევრობას და კლასტერებს. ეს პროცესი ორჯერ განმეორდა. კლასტერული დავალებები შემდგომში კარგად იქნა მორგებული სკრიპტით, რომელმაც აღმოაჩინა თითოეული კლასტერის ნამდვილი ცენტროიდი. სკრიპტი შემოწმდა, რათა დარწმუნებულიყო, რომ თითოეული თანმიმდევრობა დაჯგუფებულია ცენტროიდთან, რომელთანაც იგი იყო ყველაზე ახლოს (ისევ და ისევ, როგორც განისაზღვრება ჰამინგის ნორმალიზებული მანძილით), საჭიროების შემთხვევაში ხელახლა დანიშნულებით. ეს გამეორებადი ალგორითმი გამოიყენებოდა 97.77%-იანი ბარიერის გამოყენებით. ეს ზღვარი, მიუხედავად იმისა, რომ ოდნავ აღემატება ჩვენს კომპანიონ კვლევაში გამოყენებული, 15Feeroz MM, Soliven K, Small CTet al. რეზუს მაკაკის პოპულაციის დინამიკა და მასთან დაკავშირებული ქაფიანი ვირუსი ბანგლადეშში. ემერგ მიკრობების ინფექცია 2013; 2: e29. [Taylor & Francis Online], [Google Scholar] უკეთესად ასახავს თანმიმდევრობის გარკვეულწილად მცირე რაოდენობას ჰიპერმუტაციაზე ეჭვმიტანილი სვეტების ამოღების შედეგად. როგორც ზემოთ აღინიშნა, ვირუსული შტამები აღინიშნება მცირე ასოებით, რათა განასხვავონ ისინი იმ გეოგრაფიული ადგილებიდან, სადაც ადამიანებისა და მაკაკების ნიმუშები იქნა აღებული (მაგალითად, დჰამრაი არის სასწავლო ადგილი, სადაც დჰამრაის ძირითადი შტამი უპირველესად იქნა ნაპოვნი.) სტატისტიკური მეთოდები დემოგრაფიული ცვლადების სტატისტიკური ანალიზი იყო შესრულებულია JMP (SAS Institute, Cary, NC, USA) სტატისტიკური პროგრამული პაკეტის გამოყენებით; გაუთვალისწინებელი ცხრილების ანალიზი ჩატარდა R fisher.test ფუნქციით .25 R Core Team. R: ენისა და გარემოს სტატისტიკური გამოთვლითი. ვენა: სტატისტიკური გამოთვლის R ფონდი, 2012. [Google Scholar] RESULTSD დემოგრაფიული მონაცემები NHP ექსპოზიციის ჩათვლით 5 წლიანი პერიოდის განმავლობაში, 2007–2011, ბიოლოგიური ნიმუშები შეგროვდა 222 ადამიანისგან.

დატოვე შეტყობინება 

შეტყობინება სია